孕早期B超发现卵巢囊肿，首先需要判断是不是生理性囊肿，如果之前做过检查没有发现卵巢囊肿，这种短期出现的卵巢囊肿，多数是生理性囊肿，一般可以自己消失。

在不能排除病理性囊肿情况下，应该抽血化验肿瘤系列检查，肿瘤系列检查结果没有问题，囊肿体积不大，可以产后或者剖腹产同时处理。如果肿瘤系列有问题或者囊肿体积较大，建议孕中期手术治疗，手术方式一般选择囊肿剥除术，手术刺激有可能导致流产。

怀孕早期发现卵巢囊肿，建议尽早医院就诊，根据情况选择适合的治疗方案，以免延误病情，产生不良后果。